（三）运行机制混乱
首先是不同系统、不同层次的司法鉴定机构之间受理鉴定的范围不明确。这主要是因为没有一套科学完备的有关鉴定受理制度。在司法实践中，各系统各层次的鉴定机构的鉴定受理工作普遍存在着随意性、混乱性和重复性，只要有送鉴的，不管自己有无鉴定权，不管有无办案机关的委托信，也不管是否属于自己管辖区域和是否有能力鉴定，更不管是否进行重复鉴定，只要有利可图，就来者不拒，造成当前鉴定工作混乱无章，各鉴定机构之间相互扯皮，对案件的起诉和审理产生了负面效应。
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其次，鉴定过程缺乏必要的监督，英国著名史学家阿克顿提出：“权力导致腐败，绝对的权力导致绝对的腐败”。当一种权力缺少另一种权力制约的时候，就容易出现权力的滥用。我国各类司法鉴定机构都是在无任何监督的情形下进行鉴定。尤其是司法机关内部的鉴定机构，行政从属性较大，很容易作出倾向于自己所属机关的鉴定结论，从而导致鉴定结论效力下降。
再次，鉴定结论的采信制度缺乏规范性，我国对各级各类鉴定机构所作的鉴定结论没有区分证明力，而且任何一种鉴定结论不经质证就不能成为法庭出示的证据。
（四）责任制度缺位
关于司法鉴定的相关法律责任，我国刑事诉讼法第120条规定，“鉴定人故意作虚假鉴定的，应当承担法律责任。”在新近出台的《司法鉴定人管理办法》中进一步明确了鉴定人的法律责任，从民事赔偿、行政处罚到追究刑事责任。但是这些规定仍是过于简单、抽象、缺乏可操作性。
三、完善我国司法鉴定制度之构想
（一）改革之目标模式
司法鉴定是科学实证活动，鉴定结论是科学的判决，科学性应成为司法鉴定的基本原则，司法鉴定的改革必须遵循内在的规律性。当今科学技术迅猛发展和激烈竞争的时代，以科技进步为依托的司法鉴定具有巨大的发展潜能和为司法服务的权威效果。在许多领域，司法鉴定结论对裁判的结果起着重要乃至决定性的影响。正因为如此，司法鉴定工作在司法活动中地位越来越广泛。特别是随着诉讼客体的广泛和犯罪手段的智能化，司法鉴定改革，一方面，必须强化鉴定机构、鉴定人员的科学水平与技术标准，配置严格的科学技术准入条件，确保鉴定质量；另一方面，拿出改革举措，引入科技创新机制，加快司法鉴定领域的科学进步，不断更新技术设备和技术手段，不断提高技术水平。
公正和效率，作为现代程序所追求的工共同价值目标，也是人类设计程序时的根本出发点。司法鉴定作为鉴别、确认诉讼证据的一种重要活动，直接关系到案件事实的正确认定和法律的正确适用，也关系到法律适用是否及时和社会资源诉讼的投入，因而必须最大限度地兼顾公正和效率双重价值。
我国司法鉴定工作改革与发展的目标是，逐步建立起独立、科学、规范与有序的司法鉴定体制，以促进司法鉴定工作的科学、规范、高效与公正。[16]
（二）完善之具体构想
1、关于司法鉴定体制（1）设立独立于公检法三机关的司法鉴定系统。这样既保证鉴定机构充分集中技术力量，发挥人、财、物的整体优势大大提高鉴定质量和工作效率，又可以使鉴定人脱离公检法等办案单位的控制，有利于鉴定人按照科学的鉴定程序和原理开展工作，保证鉴定结论的科学性、客观和公正性。（2）由司法行政部门负责对全国司法鉴定工作进行统一领导，统一管理。司法行政部门的具体任务是制定有关司法鉴定的法规和规章制度等规范性文件；负责鉴定机构的审批、考核；负责鉴定人资格考试、培训和考核登记；组建司法鉴定委员会等。（3）建立区（县）、地（市）、省（自治区、直辖市）和国家四级司法鉴定机构，隶属于各级司法行政机关管理。法院的鉴定机构应予以撤销。法院是处于中立地位的审判职能的行使者，对证据的审查判断是审判活动的重要内容，而诉讼证据的最终采信权也属于审判机关。如果既充当司法鉴定的主体，又行使对该鉴定结论的审查判断和采集权，很难让法院去主动地否认自己作出的鉴定结论，必然会有损于司法鉴定的公正性。同时考虑到公安机关与检察机关工作的需要，保留公、检内部一定数量的技术人员，负责现场勘查、利用技术手段和方法来发现、固定和提取证据。对于需要进行司法鉴定的则要委托专门的司法鉴定机构进行鉴定。（4）对现有政法院校和科研院所的鉴定机构作如下调整：取消其独立鉴定的权力，其鉴定人员按照地区隶属关系作为司法行政系统的鉴定机构或国家鉴定部门的兼职鉴定人，成为专业鉴定机构的补充；可以承担司法鉴定科学研究、实际鉴定问题的咨询专职鉴定机构无法完成的某些鉴定任务。
2、关于司法鉴定人2000年8月14日，司法部出台的《司法鉴定人管理办法》（以下简称《办法》）对鉴定人的资格取得、选任、权利、义务及责任都作了规定，但是这些规定只是建构起了鉴定人制度的大体框架，其中一些具体制度尚待进一步细化。[17]例如：（1）鉴定人资格的取得，《办法》中虽然确立了司法鉴定人职业资格统一考试、考核制度，但是具体方法还没有明确，取得职业资格证书后的实习期未明确规定。考虑到司法鉴定是一个复杂的过程，必须经过在专门鉴定机构的实践才能最终取得司法鉴定人执业资格。（2）鉴定人的权利、义务，《办法》中规定司法鉴定人有以下权利：查阅与鉴定有关的案卷材料，询问与鉴定事实有关的当事人、证人等；应邀参与、协助委托人勘验、检查和模拟实验；要求委托人补充鉴定材料；委托人提供虚假情况或拒不提供鉴定所需材料的，有权拒绝鉴定；拒绝解决、回答与鉴定无关的问题；与其他司法鉴定人意见不一致时，有权保留意见；获得报酬的权利。《办法》也指出司法鉴定人应承担下列义务：按时完成鉴定任务；依法主动回避；保守在执业活动中知悉的国家秘密、商业秘密和个人隐私；依法按时出庭；遵守职业道德和执业纪律。需要补充的是，鉴定人的人身安全保障方面的权利和鉴定人说明鉴定过程及方法的义务。[18]（3）鉴定人的责任，在《办法》中有初步规定，笔者认为需具体化，宜明确鉴定人以下法律责任：无故拒绝鉴定的责任；超期鉴定的责任；错误鉴定的责任；拒绝出庭作证的责任。
3、关于司法鉴定启动机制司法鉴定机制的核心问题是司法鉴定的委托权的归属问题。[19] 我国的司法鉴定制度改革应确立“以职权主义为基础，以当事人主义为补充”的目标模式。改革我国司法鉴定程序启动制度的具体思路是：第一，规定法院是惟一有权决定启动主体。与此相适应，只赋予侦查机关和检察机关申请鉴定的权力。侦查机关和检察机关要实施鉴定必须向法院提出申请，经法院批准并由法院委托的鉴定人进行鉴定。第二，赋予辩护方以申请法院进行鉴定的权利，而不仅仅是现行法律所规定的当事人仅在对原鉴定结论不服时有申请重新鉴定和补充鉴定的权利。赋予辩护方以申请鉴定的权利不仅有利于控辩对抗，提高辩护方的防御能力，而且通过对立双方的竞争来协助法官查明案件真相。第三，规定控辩双方可以聘请专家担任技术顾问。这些专家不是鉴定人，也不是证人，但他们有权了解鉴定活动情况，在鉴定时有权到场，向鉴定人提出问题，给予本方当事人一定的专业咨询意见，有权在法庭审理过程中发表自己的意见并与鉴定人进行对质和辩论等等。
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