（1）税收返还是1994年实行财政分税制时确定的中央对地方政府的无条件补助，具有维护地区既得利益的特征，不仅没有均等化作用，反而使富裕地区更富，贫困地区更穷。且由于其数额巨大，成为导致地区间差距拉大的重要因素。同时造成中央实际可用于调节地区间差距的财力极为有限，并且不能在预算中事先安排。
（2）过渡期转移支付尽管在规范性和合理性方面有了明显进展，但相对于规模庞大的、基数法色彩明显的其他形式转移支付而言，其作用力度极其微弱，难以发挥应有的调节地区财力差距的作用。
（3）除过渡期转移支付外，其他转移支付形式的最明显缺陷是仍然采用基数法，对各地区的补助数额的确定带有随意性，因此没有地区均衡效果。特别是体制补助（或上解）把80年代财政包干体制不合理的地区利益格局引入了新体制。而决算补助和其他补助对地区间财政均等化没有太大意义。
（4）专项补助存在较多的问题，突出的是项目庞杂，数额较大。特别是1998年实施积极财政政策以后，增幅更为明显。一方面范围界定不明确，专项拨款几乎涉及所有财政支出领域，包括中央不应承担的责任，同时应由中央财政承担的支出又转嫁给了地方。另一方面拨款的确定不规范，具有很强的主观随意性，同时也取决于地方的公关能力，难以避免寻租行为。第三是专项补助缺乏严格的事后监督管理制度，一些专项拨款要求地方安排配套资金，加重了地方政府负担。
2.转移支付制度缺乏法律基础
中国目前尚无涉及政府间转移支付制度的法律，《预算法》也无相关条款，造成对转移支付问题的重视有限，影响了转移支付制度的权威性和可操作性。首先应通过立法明确界定中央与地方政府的事权范围，使各级政府在执行事时有一个明确的事权界限，然后就有关政府间转移支付制度做出明确规定，使其权威性和可操作性得到法律保证。
3.省对下级政府转移支付制度相对滞后
中国省对下级政府的转移支付包括对市、县、乡三级。许多省级政府比照中央对地方的做法，相继出台了省对下级政府的转移支付制度，其内容与中央对地方政府转移支付大体相同。
目前省对下级政府的增量转移支付根据一些因素按公式分配，因而有利于省内地区间差距的缩小。税收返还则各省做法不一。大部分地区省市两级都以县级单位为对象，实施多级次转移支付。
省以下过渡期财政转移支付资金规模有限，且地区间财力分布严重失衡，未能从根本上解决县级财政问题，部分困难地区基层财政收支矛盾仍较突出。
（1）县级财政得到的转移支付构成中专项拨款比重大，通过规范方式分配的转移支付规模小。2000年，县级接受转移支付中专项拨款占48%.
（2）体制补助长期不变，个别市县出现负财力增长的现象，县乡财政困难。2000年，全国276个县人均财力在6000元以下，难以保证工资发放。
（3）分税制后财政体制层层集中，留归县级的固定收入是税源分散、稳定性差的小税种，征管难度大，增收潜力小，收入不稳定。同时上级政府的各种法定支出的硬性增长，和中央专款要求地方配套以及预算编制改革滞后等，对部分地区县级收入也产生了很大影响。
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