在新的国有资产管理体制下，相应地财政与国有企业的关系也要发生变化，国有企业与财政就是规范的税收法律关系。即使政府财政要对其进行支持，也是依据国家宏观调控和产业政策对所有企业一视同仁，而不是因为所有制性质的不同就区别对待。
（二）国有资产监管新体制对财政收入的影响。
毫无疑问，在新的国有资产管理体制下国有企业与其他性质的企业一样，也必须依法纳税。虽然，将来国有经济主要发挥的是控制力、影响力、带动力，不一定作为国家税收收入的主要来源，但就现阶段而言，国有企业税收收入仍然是国家财政收入的重要来源，占了近 5 0％。国有或国有控股大中型骨干企业的发展，仍然是财源建设的关键。但在新的体制下，要改变财源建设的思路，政府一般不应再通过新办竞争性领域的国企纳税大户来获取财源。财政主要是满足公共需要，通过为各类经济活动主体服务和创造良好的发展环境，提高它们的经营绩效来增加财政收入。
经营性国有资产交由国资委后，一个新的问题是这些国有企业经营的利润应如何处置，是继续留给国有企业，还是上交给财政部或者充实到社保基金中，还是上交给国资委。
1994年实行分税制改革后，国家暂时没有要求国有企业上交国有资产收益。当时的目的主要是“放水养鱼”，减轻国有企业负担，促进国有企业的改革和发展。但在实践中，由于各个国企情况不同，苦乐不均，造成了分配秩序的混乱。特别是一些垄断行业收入过高，使得收入分配关系更加难以理顺。究其原因就在于国有资产出资人缺位，国有资产的收益权谁来行使是不清楚的。一方面，国家基本放弃了国有资产经营收益，没有收取投资回报。这部分收益变成了国有企业内部职工的福利。另一方面，一些行业主管部门采用各种方式，如征收行政管理费用、摊派等方式占用国有企业的这部分收益，实际上将出资人的权力扭曲了。行业主管部门作为政府的行政部门，其办公事业经费已经纳入了财政预算，没有资格作为出资人向企业行使收益权。
笔者认为，既然新体制已经明确了由国资委统一履行出资人职责，那么国有资产的收益权就应该交由国资委。出资人进行投资就是为了获取投资回报，这是出资人天经地义的权力。《公司法》很明确地规定了出资人享有受益权。国资委应该享有它所占有的那部分国有股权所应得的收益的处置权。这部分收益如何使用，是用来给国有股东分红，还是继续用于投资，都应该由国资委来拟定。当然，由于国资委并不是真正的出资人，只是受政府委托行使出资人职责，因此它对收益权的行使要经过法定程序，主要应该通过编制和执行国有资本经营预算来实现。
（三）国有资产监管新体制对财政支出的影响。
在新的国有资产监管体制下，国有资产出资人职责由国资委行使了，那么财政就应该主要为政府“经济调节、市场监管、社会管理和公共服务”职能的履行提供财力保证。财政支出要围绕这个目标，从“越位”的领域退出来，进入“缺位”的领域。财政支出安排的重点是满足社会公共需要，提供公共产品和公共服务。改变过去财政支出多用来建立、补贴和扶持一般竞争性领域的国有企业，而使国防、基础教育、医疗卫生、基础设施、社会服务等公共需要得不到满足（农村义务教育、SARS都是典型的例子）。
现在的突出问题是对一般竞争性领域，财政还要不要投入。从原则上讲，财政的目标既然是满足社会公共需要，就应严格限制政府公共预算资金投向赢利性项目。财政支出不应该再投资建立新的竞争性领域的国有企业，原则上不与民争利。但是，也要正视现实情况，充分考虑目前在一般竞争性领域存在着大量国有企业和国有资产的现实。2002年分布在一般竞争性行业的国有资产总量为26809．8亿元，占全部国有工商企业占用国有资产的40．9％。虽然，这些国有资产的营运应该纳入市场运作，在市场经济中优胜劣汰，不应该再占用公共资源。但是这些国有企业是传统体制的产物，有许多历史遗留问题是国家应该支付的改革成本，完全不管不顾、甩包袱既不合理也不现实。因此，财政还要对这些一般竞争性领域的国有企业有一些支持。但是，笔者认为这种财政支持应该立足于解决历史遗留问题、支付转轨成本，帮助其顺利改制来安排财政支出，给予财政支持。比如，国有企业主辅分流改制中，如果破产企业的财产全部卖掉都安置不了富余人员，财政应该将差额补上。再比如各地国有资产数量与质量差异很大，新体制下可能发生苦乐不均问题，需由中央统筹和协调，尤其是中央财政应加强转移支付力度。
这方面目前还有一个突出的问题就是老职工社会保障基金欠账问题。估计目前国家的这部分隐性负债约为2万亿元。如此巨大的数额，、单靠财政支出是无法解决的。在新的国有资产监管体制建立后，国有产权制度改革进程将会大大加快，特别是新的国有资产管理体制赋予了地方政府对一部分国有资产的处置权，很多地方都已经明确规划了几年内国有资本退出的目标。因此，如果不尽快明确国有产权退出后这笔资金的去向问题，由各地自行处理，既不利于建立统一的社会保障体系，也可能造成不会再有足够资源来处理对老职工的社会保障隐性债务问题，这将给未来留下巨大的金融风险和妨碍社会安定。
三、从综合财政预算中分离出国有资本经营预算，实现“税养国家财政，利活国有经济”，从制度上理顺国有资产管理与财政的关系
建立国有资本经营预算的必要性，财经界很早就认识到了。党的十四届三中全会根据改革实践的要求，明确提出了：“改革和规范复式预算制度，建立政府公共预算和国有资产经营预算。”但当时还主要是从财政体制改革的角度将两种预算分开，希望建立一种满足政府既是社会经济管理者又是国有资产出资人的财政制度，还没有完全意识到从制度设计上将两种职能彻底分开的必要性。
国有资本经营预算是对经营性国有资产的收支进行的预算。国有资本经营预算不同于公共财政预算，准确地说属于财务预算的范畴。公共财政预算资金表现为一收一支，平衡使用，追求社会效益；国有资本预算资金表现为周转循环，保值增值，追求经济效益。建立独立运行的国有资本经营预算，将使国有资本的投资得利、收益分配，以及再投资，形成独立的运转体系，形成国有资本将本求利、有效运转的机制，从而进一步落实税收和利润的分收、分管和分用工作。因此，在新的国有资产监管体制下，要理顺国有资产管理与财政的关系，重要的途径之一就是创新国家预算体制，将各级政府预算由原有的经常性预算和建设性预算改为政府公共预算、国有资本经营预算、社会保障预算和其他预算。对政府以不同身份进行的收支活动加以区分，反映不同性质预算资金的来源和使用情况，对于不同的预算资金采取不同的管理办法。
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